En quedar vidu, Johannes Buxtehude es va traslladar, en 1639, a Helsingborg i, en 1642, a Helsingor, a l'illa danesa de Selàndia, on va assumir el càrrec d'organista a l'església de San Olaus. D'un segon matrimoni amb Hella Jaspersdaatter va tenir altres tres fills. Pel que sabem, Dietrich va tenir com a únic mestre al seu pare. Als vint anys ho trobem com a organista en Helsingborg; després, l'aprenentatge va seguir en Helsingor, on en 1660 va ser contractat per l'església de Santa María. En 667, el principal organista de Lübeck, Franz Tunder , va morir no sense abans haver designat a Buxtehude com el seu successor en l’orgue de la Marienkirche. Dietrich va assumir el nou càrrec i, pocs mesos després, segons els convencionalismes de la corporació dels músics, va casar a la filla de Tunder, Anna Margaretha.

L'existència de Buxtehude es va desenvolupar sense esdeveniments dignes d'esment, en l'ordenada quotidianitat del servei; però en aquesta rutina cal subratllar la importància que ell va tenir en l'establiment de les funcions dels músics en el si de l'organització eclesiàstica. Dietrich va continuar l'activitat de Tunder, però la millor qualitat de la seva música va convertir en fonamentals alguns que fins llavors, havien estat marginals en la vida musical de Lübeck. Ell va donar de fet un gran impuls a les Abendmusiken (nits musicals) fundades per Tunder, desplaçant aquests concerts públics organitzats a l'església(fora del servei litúrgic) dels dies festius als dos últims diumenges de Pentecosta i als tres últims diumenges d'Advent. En l'àmbit d'aquests prestigiosos concerts es va desenvolupar la Cantata sacra protestant, una composició típicament alemanya, el text de la qual s'extreia de paràfrasi de les Sagrades Escriptures o bé estava inspirat en la litúrgia, i l'arquitectura de la qual es componia de peces vocals per a cor o per a soli i per peces instrumentals.

No s'han de confondre amb la Cantata italiana, de caràcter profà i de naturalesa teatral (els que més van conrear aquest gènere de composició van ser Alessandro Stradella i Alessandro Scarlatti ). La Cantata alemanya no sols estava estretament lligada a l'església, sinó que amb Buxtehude es va organitzar en cicles adaptats a les festivitats; amb tal funció va passar a J. S. Bach, en particular en el cicle nadalenc, en el que es coneix amb el nom de "Oratori de Nadal.

En el moment de la seva mort, ocorreguda el 9 de maig de 1707, Buxtehude ja havia adquirit un setial precís dins de la història de la música alemanya: la seva producció constituïa una fase important de la transició entre Heinrich Schutz, el major compositor de la primera meitat del segle XVII, i Bach. El seu lloc d'organista ho va heretar un mestre de segona fila, Johann Christian Schieferdecker  que es va sotmetre a la condició de casar a la filla de Buxtehude, però la veritable herència artística del músic va passar, com ja hem dit, referent a l'estil organístic i a les Cantates, a Johann Sebastian Bach.

Les obres per a òrgue de Buxtehude, que es van publicar a remolc de la crida <<Bach-Renaissance>> del segle XIX, són de gèneres variats, però gairebé totes tenen com a base el Coral i es desenvolupen a través d'una tècnica de transformació del material de base. Aquesta tècnica, de regeixen italià es compendia principalment en dos tipus de conducta: la virtuosística i la contrapuntística; és a dir, en una forma de lliure invenció virtuosística o en una altra de rigorosa superposició de les veus a través de la transformació de les figuracions musicals quant al ritme, als intervals i a la tímbrica de l'òrgue.

L'arquetip d'aquesta conducta dual el constitueix el díptic Fantasia i Fuga, però altres formes anàlogues eren les del Preludi-Coral i de la Variació sobre un Coral. L'èxit peculiar de Buxtehude va consistir en una extraordinària capacitat per a construir arquitectures vastes i completes on, especialment en les seccions contrapuntístiques, la superposició de les veus dona lloc a harmonies i a sonoritats molt robustes. Comparades amb les successives i anàlogues composicions bachianas, es pot parlar d'una espècie de primitivisme de Buxtehude, per la característica monumentalitat en la qual es reconeix l'estil <<septentrional>> de l'escola alemanya. En les peces per a orgue de Buxtehude, existeixen també aspectes elaborats amb especial elegància, per la qual cosa a virtuosisme es refereix, mentre queda afirmada la funció harmònica de la part greu, que és normalment encomanada als pedals de l'instrument.

A més de la música per a orgue, Buxtehude va compondre també dinou Suites per a clavicémbalo i dues col·leccions de Sonate a tre (és a dir, per a dos instruments i baix continu), que en conjunt constitueixen la seva producció de cambra. Les Suites obeeixen a la regla general d'aquesta mena de composicions, que consisteix en una successió de danses segons una arquitectura ja sòlidament establerta en la música instrumental del segle XVIII europeu.

Buxtehude es va atenir, seguint l'exemple de Johann Jakob Froberge, a l'esquema Allemande-Courante-Sarabande-Gigue, que va romandre invariat en la música alemanya per a instruments de teclat, excepte la introducció, a causa de la influència francesa, de l'anomenat Double és a dir, d'un episodi nou a introduir en les diferents danses. Una particularitat de les Suites de Buxtehude consisteix en l'elecció de les tonalitats fonamentals. Les dinou composicions estan distribuïdes de manera que les diferents tonalitats estiguin basades sobre les sis notes, de Do a la, que constituïen el hexacordo natural de Guido d'Arezzo: A = La; C = Do; D = Re; E = La meva; F = Fa; G = Sol (s'ometia la nota Si que era ambigua , és a dir B = Si bemoll i H = Si natural). El propòsit d'aquesta distribució era evidentment didàctic, ja que cinc Suites estan en Do major i nou estan equitativament subdividides en sèries de tres per a les tonalitats de Re menor, El meu menor i Sol menor; les altres estan en Re major, en Fa major, en Sol major, en La major i en La menor.

En la pràctica Buxtehude va explotar les possibilitats harmòniques de tot el hexacordo, així com J. S. Bach en el seu temps va esgotar, amb esperit modern, no el hexacordo d'ascendència medieval, sinó la més actual divisió de l'octava en dos semitons iguals, com queda testimoniat en els dos cicles de vint-i-quatre Preludis i Fugas cadascun, que componen el El clau ben temperat. En aquesta diferència de concepció de l'espai sonor --el hexacordo natural en Buxtehude i l'escala cromàtica en Bach-- resideix tota la diferència de posició històrica dels dos compositors. En la producció per a clavicèmbal de Buxtehude fa falta afegir a les Suites un altre petit grup de peces; set sèries de Variacions i dues Tocates, que pertanyen al gènere de literatura anomenada cémbalo-organístico per ser susceptible de ser interpretada en tots dos instruments.

Les dues recopilacions de Sonata a tre, de set composicions cadascuna, van rebre de Buxtehude un titulo italià: VII Suonate á due, Violino & Viola de gamba, amb Cembalo, di Dieterico Buxtehude, direttore dell'organo del gloriós Temple Santa María in Lubecca (respectivament Opera prima i Opera seconda). Ambdues es van imprimir a Hamburg en 1669 i es remetien als models italians, que, pocs anys després, van ser establerts per l'edicions de les Sonates de Arcangelo Corelli. Es tractava de composicions el fonament de les quals de l'harmonia (l'anomenat baix continu) es confiava a l'instrument polifònic o, cosa que és el mateix, al clavicémbalo, capaç de realitzar les parts harmòniques, mentre als altres dos instruments s'encomanaven les parts principals en una espècie de Duetto instrumental, que les seves no gaire llunyanes ascendències es trobaven en els Madrigals de Claudio Monteverdi. En l'estil italià, no obstant això, el Duetto es confiava a dos violins (o, almenys, a instruments aguts d'igual extensió, com, per exemple, dues flautes), mentre que en les Sonates de Buxtehude, continua vigent la convenció adoptada a França i a Anglaterra: confiar les dues parts principals a instruments d'extensió i timbri desiguals, com són de fet el violí i la viola de gamba.

Referent a l'estructura, les Sonates es basen en general en parelles de moviments lent-vivace i en l'adopció d'esquemes de dansa i de passatges contrapuntístics. En les Sonates de Buxtehude es troba una forma musical que concentra la dansa i el contrapunt: es tracta de la Cercavila o la Chacona (els musicòlegs no han arribat com a distingir exactament les formules corresponents a aquests dos termes que són, en substància, sinònims) en la qual la línia del baix continu roman sempre invariable (basso ostinato), mentre canvia la conducta de la melodia i de les parts harmòniques. El procediment era comú en el segle XVII (i el més suggestiu exemple ens ho proporciona el "Lament de Dido" en la conclusió de Dido i Eneas d'Henry Purcell.

Les Cantates de Buxtehude, finalment, constitueixen el més important antecedent de les de J. S. Bach, tant per la seva estructura com per la seva disposició en cicles segons les festivitats litúrgiques. En la vocalitat de Buxtehude s'entrecreuen dues influències: d'una banda, l'airós espressivo, d'ascendència italiana, ben conegut en tota Europa gràcies a la celebri recopilació de peces vocals, titulada Nuove Musiche, de Giulio Caccini; per una altra, el cant estròfic alemany; el Lied, que havia entrat en l'ús litúrgic del cant dels fidels des dels temps de Luter i de la seva reforma, també en el camp musical, J. S. Bach va definir la Cantata de manera lleugerament diferent, va introduir en ella el Recitatiu secco i l'ària d'ascendència italiana. Referent a les Abendmusiken, la música i els textos s'han perdut en la seva majoria: queda el text d'un cicle de Cantats sacres, <<Die Hochzeit des Lammes>> (Les núpcies del xai), i la Abendmusik completa.

Obres Principals

Música per a orgue: 26 Preludis y fugas o toccatas; 3 Pasacaglia, 25 Corales; 7 Variacions de coral; 8 Fantasies de coral; 8 Canzone i Canzonnette.

Música per a clave:  21 Suites; 6 variacions; 2 Toccates.

Música de càmbra: 14 Sonates per a 1 o 2 violins, viol de gamba i baix continu, Suite per a diversos instruments; 4 Sonates per a viola de gamba i baix continu. 

Obra vocal: Més d'un centenar de cantates, entre las que destaquen, Also at Gott die Welt geliebet, Canite Jesu nostro, Das neuge borne Kindelein, Dixit Dominus Domino meo, Ecce nunc benedicite Domino, Eins bitte ich vom Herrn, Fallax mundus, ornat vultus, Gen Himmel zu dem Vater min, Ich bin habe Lust abzuscheiden, Ist es recht, Mein Herz ist bereit, Membra Jesu nostri, Nun danket all Gott, Sicut Moses exaltavit serpentem, Wie wird erneuet, wie wird erfreuet.