En absència del dux, Simó IV de Montfort (1160-1218), el líder d'una petita fracció de croats contraris a atacar Zadar, va fer saber als seus habitants que els líders creuats portaven una missiva del papa Innocenci III, en què aquest amenaçava amb excomunió tot aquell que s'aixequés en armes contra la ciutat. Simó va insistir que, si eren capaços de defensar-se dels venecians, no tindrien res a témer dels croats francs (els que no eren venecians), ja que no tenien intenció de desobeir el Papa. Els emissaris van agrair a Simó la informació i van tornar a la ciutat. Quan Dandolo i els barons creuats van tornar, es van sentir ultratjats en no trobar els emissaris, i les possibilitats d'una rendició pacífica es van esvair.
La missiva del Papa va obligar els croats a triar entre l'excomunió per atacar una ciutat sota la protecció de l'Església, o bé donar per conclosa la croada. Convençuts que la voluntat de Déu era contrària a aquesta segona alternativa, la majoria dels croats van optar per mantenir-se del costat dels venecians com una qüestió d'honor. Simó i els seus homes es van separar del contingent armat, però la gran majoria dels croats van atacar Zadar, que va ser conquerida el 24 de novembre. Com a resultat, els participants de la quarta croada van quedar excomunicats.
Els líders francesos van enviar una delegació a Inocenci III suplicant el seu perdó. Al final, el Papa els va concedir l'absolució que sol·licitaven, però no així els venecians, ja que estava convençut que aquests s'havien sumat a la causa creuada tan sols en interès propi. En una missiva enviada als líders creuats, instava els croats francesos que, un cop a Terra Santa, no tinguessin tractes amb els venecians.
Però no van acabar aquí els problemes de l'expedició creuada, aclaparada pels deutes, la manca de diners i l'escassetat de provisions. D'acord amb el contracte signat, Venècia es comprometia a proporcionar a cada soldat els suficient com per subsistir uns nou mesos. però com que els croats van començar a consumir les provisions a finals de juny de 1202, a finals de març de l'any següent, just quan la flota creuada es trobava preparada per partir del port de Zadar, els croats es van trobar sense provisions. Els recursos eren sens dubte insuficients per mantenir tot el contingent i poder navegar tots junts, i no diguem per combatre a Egipte.
Aleshores va arribar a Zadar un grup d'emissaris al comandament d'un príncep bizantí, Alejo Ángelo, que acabava de fugir d'Orient després que el seu pare, l'emperador Isaac II Àngel, hagués estat encegat i obligat a abdicar en favor del seu germà Aleix III Àngel el 1195. El jove príncep va sostenir que era ell, i no el seu oncle, el legítim emperador de Constantinoble. A canvi d'enderrocar-lo, els va oferir provisions, 2000.000 marcs de plata, unir-se a la croada amb 10.000 soldats, deixar un destacament permanent a Terra Santa i sotmetre l'Església grega a l'autoritat de Roma. Per als croats era una oferta irresistible, però va generar noves divisions dins les seves files.