En 1728, comptant setze anys, resolgué no tornar més a Ginebra, i passà a Savoia, tenint la sort a Confignon de coneixer al sacerdot catòlic Pontverre, que el recomanà a la senyora de Warens, jove separada dels seu marit, posseïdora d'excel·lents sentiments, però de costums molt dubtoses, i la qual conducta era molt censurada a de que encobria les seves passions amb el mantell de la religió, doncs es dedicava a convertir als protestants al catolicisme. Rousseau, jove inexpert, la sola educació del qual consistia en abundants però desordenades lectures, va ser enviat per la senyora Warens a una escola de catecúmens de Torí, i allà va abjurar del calvinisme i va ser batejat, donant-se-li després una petita suma i una llibertat absoluta, que Rousseau va aprofitar per vagabundejar al seu gust, fins que es va vagabundejar al seu gust, fins que el va agradar. Aleshores va entrar com a lacai a casa de la comtessa de Vercellis, però va ser acomiadat al cap de poc temps, acusat d'un robatori. L'abat Gaime, preceptor dels fills del comte de Mellarède, enamorat de la desimboltura i del talent natural de Rousseau, li va prendre a càrrec seu amb l'objectiu de completar la seva educació i fer-ne un home de profit, fent-li entrar, a més, a casa del comte de Gouvon però va contreure amistats que li van fer prou per tornar a Annecy, residència de la senyora de Warens, que el va acollir cordialment i el va fer entrar al Seminari dels Lazaristas, on va estudiar llatí i va començar l'estudi de la música amb Nicoloz, mestre de capella de la Catedral, que el va portar amb si a Lió, abandonant-lo després (1730). En tornar a Annecy, la senyora de Warens havia marxat a París: absent la senyora, va entaular relacions amoroses amb la donzella: mentrestant va fer una visita a la seva ciutat natal i després va anar a Noyons, on residia el seu pare. De Noyons es va traslladar a Lausana, on es va fer passar per músic; durant l'hivern de 1730/31 va viure a Neuchatel donant lliçons de música; a la primavera de 1731 va conèixer el pretès arximandrita Pedro Pablo Vergerio, que el nomenà el seu secretari; després de moltes aventures es trobà sol i abandonat a París; a sobre de les seves dissorts, la senyora Warens havia sortit ja de París, però Rousseau no es va desanimar per això i va emprendre a peu el viatge per anar a buscar la seva protectora, a qui va trobar a Chambéry; allí va entrar, per recomanació d'aquella, a les oficines del Cadastre, conservant aquesta col·locació prop de dos anys, fins que, avorrit, la va deixar, per dedicar-se a l'ensenyament de la música, trobant alumnes entre els fills de les millors famílies de la ciutat.

Les seves relacions amb la senyora Warens havien pres un altre caràcter, cosa que va motivar que Claudio Anet, un jardiner que havia seguit la seva senyora, intentés suïcidar-se enverinat. El jardiner va curar llavors i Rousseau va haver de resignar-se a compartir el que creia que era per a ell sol: però això va durar poc, i el nostre biografiat va fugir, no se sap en quina data; més cap a l'any 1735 ja tornava a estar al costat de la seva amant. Aleshores ja havia adquirit una cultura molt sòlida guiada en les seves lectures per Conzié. El 1737 va estar a punt de morir a causa d'un accident de laboratori, i va quedar cec durant algun temps; va curar, però, i va passar a Ginebra per cobrar l'herència de la seva mare, que pujava, a 6.500 florins. En tornar de Ginebra es va trobar instal·lat un nou rival a casa de la senyora Warens, un barber anomenat Witzenried, marxant llavors a passar una temporada a Montpeller, per tornar a Cahmbéry el desembre de 1737. 

Al juliol següent la senyora Warens va llogar una casa a Les Cahrmettes, on va residir Rousseau fins a 1740, sent aquest el període més feliços de la seva vida i un dels més profitosos per al desenvolupament de la seva intel·ligència. En efecte, durant dos anys es va lliurar amb veritable cremor a la lectura, estudiant no només història, literatura i filosofia, sinó matemàtiques, astronomia, física i història natural. Alhora es va dedicar a compondre música, però els seus coneixements sempre van ser incomplets i desordenats. Witzenried, però, ocupava el primer lloc al cor i a la casa de la senyora Warens, cosa que humiliava tant Rousseau, que va decidir abandonar-la, entrant de preceptor a casa de M. de Mably, prebost del Lionesat. En aquella ocasió va compondre el Projet pour l'education de M. de Saint-Marie, on es troba ja el germen de moltes de les reflexions que després desenvoluparà a Emilio.

El 1741 va deixar la casa i va tornar a Chambéry, on se li va rebre fredament. Per fi, va decidir posar en pràctica un projecte que acaronava des d'algun temps abans, el d'anar a París a provar fortuna, portant al seu equipatge un nou sistema de notació musical xifrada, de la seva invenció. Arribà a la capital la tardor del 1741, i l'agost del 1742 llegí a l'Acadèmia de Ciències el seu sistema de notació. Ben rebut a tot arreu, va entaular amistat amb Diderot, Marivaux, Fontenelle, Buffon, Voltaire i el pare Castel, al mateix temps que se li obrien les portes dels salons més aristocràtics, com els de les senyores Bezenval, Broglie i Dupin. 

Per tal de procurar-li decorosos mitjans de vida, els seus amics li proporcionaren la plaça de secretari de l'ambaixador de França a Venècia, de Montaigu; a Venècia va romandre un any (agost de 1743 a agost de 1744), fins que es va indisposar amb el seu cap i va deixar la plaça. Abans de tornar a París va passar per Ginebra i per Noyons, on va visitar el seu pare. L'aventura de Ginebra el va fer perdre algunes de les seves relacions i va despertar-hi una mica de la misantropia i desconfiança que caminant el temps havia d'adquirir molt més desenvolupament. El 1745 va donar a conèixer alguns fragments de la seva òpera Les Muses galants, assistint Richelieu a l'audició.

Des de llavors daten les seves relacions amb Teresa Levasseur, servent de l'Hotel Saint Quentin, noia ordinària i inculta però que, a la seva manera, el va estimar sempre, encara que li va proporcionar més disgustos que alegries. L'amistat que tenia amb Voltaire, fins aleshores molt superficial, es va fer més estreta, i el patriarca de Ferney va retocar alguns dels treballs del seu amic i es va interessar per la publicació. El 1747 va morir el seu pare, deixant-li alguns diners, que Rousseau va partir amb la seva antiga amant la senyora Warens. Mentrestant s'havia donat conèixer avantatjosament com a poeta i com a músic i estava en excel·lents relacions amb tots els homes cèlebres de París.

Quan es va formar el pla de l'Enciclopèdia, Rousseau va ser inclòs entre els principals col·laboradors i es va encarregar de la redacció dels articles de música. Fins aleshores no havia escrit més que versos; però com que la seva prosa i la seva doctrina van ser elogiades, va continuar pel camí emprès, que havia de portar-lo a la glòria. Per descomptat, el contacte amb els homes de l'Enciclopèdia el va fer perdre el seu catolicisme, que per altra banda, mai no havia estat molt sincer ni molt sòlit. La seva vida amb Teresa formava un contrast curiosos amb la de la societat que ell freqüentava. Tot i els pocs testimonis que hi ha en contra, no és possible dubtar que Rousseau va tenir cinc fills amb Teresa i que els va portar tots a l'hospici. La caus principal d'aquest abandó sembla que fou la por de no poder subvenir als seus necessitats; d'altra banda, a les seves correries juvenils s'havia acostumat a utilitzar sense escrúpols els establiments públics de caritat, i no ho considerava deshonrós. El que demostra, sobretot, aquest acte és que no tenia principis, no obstant la seva ànima generosa, perquè no li havien estat inculcats en la seva infantesa. Per a molts aquest contrast entre la vida privada de Rousseau i les seves teories no és res més que un refinament d'hipocresia: però no es pot considerar en absolut així, ja que en l'època en què va néixer el seu últim fill encara no havia escrit res sobre moral. Com diu un dels seus biògrafs, aquella era en ell fins aleshores rudimentària i confusa, i després d'haver baixat fins el més abjecte aniria a aixecar-se.

El seu primer treball en aquest sentit va ser el cèlebre Discours, contestant al tema proposat per l'Acadèmia de Dijon sobre si el restabliment de les ciències i de les arts ha contribuït a millorar els costums. Rousseau es va pronunciar per la negativa, sostenint que les ciències i les arts, inseparables del luxe, corrompen la societat. (Segle i mig més tard Lev Tolstoi degué sostenir una teoria semblant.)

Aquest treball, escrit en estil declamatori, però sincer, va tenir un èxit ressonant i va donar origen a una sèrie de polèmiques en què van prendre part els homes més il·lustres de França i encara de l'estranger. Com a conseqüència, Rousseau va obtenir gran popularitat i tots van voler llegir els seus treballs. A Fontainebleau es va estrenar la seva òpera Le dévin du village (representada després a l'Òpera) i a la Comèdia Francesa la seva comèdia Narcisse. El 1752 va obtenir una plaça molt lucrativa, la de caixer de l'arrendatari de contribucions; en 1753 va publicar el seu Lettre sud la musiqu française, en la qual es declarava adversari de la música italiana, i quan semblava haver aconseguit tot el que es pugui desitjar, nom, riquesa i consideració, ho va abandonar tot per viure d'acord amb els principis que havia esbossat en el seu Discours, limitant-se a guanyar com a copista de música els 40 sous diaris que necessitava per viure. La seva decisió no va ser presa de debò pels seus amics, que no van aconseguir fer-lo canviar de rumb.
El 1755 va publicar un nou Discours per al concurs de l'Acadèmia de Dijon; Quin és l'origen de la desigualtat entre els homes? Aquest discurs, al contrari que el primer, no va ser premiat, probablement perquè atacava alguns dels principis fonamentals. en ell desenvolupava la tesi que l'home natural, l'home primitiu, animal robust è intel·ligent, no unit als seus semblants, havia viscut innocent i feliç; que l'arçó egoista i calculadora, la propietat i la societat l'havien convertit en un ésser infeliç i malvat.

La lògica atrevida i subtil i la forma grandiloqüent d'aquest escrit li van donar una gran ressonància. El Discours el va dedicar als seus compatriotes de Ginebra, que va visitar el juny de 1754, abjurant del catolicisme amb la intenció de quedar-se a viure a la seva ciutat natal, propòsit aquest últim que no va realitzar, fixant la seva residència a l'Ermitage, a prop del parc de Montmorency, on va estar prop de 7 anys. Allà va conèixer la senyora de Houtetot, per qui va concebre una passió platònica, que no per això va deixar d'ocasionar-li seriosos disgustos amb Teresa i encara el va indisposar amb algun dels seus amics, especialment Grimmon i Diderot, que li van aconsellar amb poca prudència i discreció.  El resultat va ser que Rousseau es tornés més misantrop i puntillós i, per fi, es veiés obligat a sortir de l'Ermitage, instal·lant-se en una petita quinta de Montmorency.

Entre les amistats que aquí va contreure va ser la més grata per a ell la del mariscal de Luxemburg, amb què va passar alguns mesos al seu castell de Montmorency. S'hi trobava gairebé feliç, envoltat d'excel·lents amics que el consideraven i estimaven, quan un nou incident va venir a contorbar-lo profundament. D'Alembert, al seu article Ginebra, de l'Enciclopèdia, inspirat per Voltaire, atacava els ministres protestants de la ciutat i advocava perquè s'hi establís un teatre.  Rousseau va defensar els ministres i censurà la idea de fundar un teatre, per considerar-lo un agent de corrupció. La violència de l'atac va motivar contestacions no menys violentes, i com que Voltaire, era l'inspirador de l'article causant de la rèplica, va sobrevenir la ruptura definitiva entre tots dos.

El 1760 va aparèixer, simultàniament, a París i Amsterdam La nouvelle Héloïse, l'èxit de la qual va superar el de totes les posteriors de Rousseau, que es mostra aquí més poeta i sagaç observador. Va ser inútil que Voltaire, amb el nom de marquès de Ximenes, li dediqués una crítica malèvola. La nouvelle Héloïse havia de ser, fins a l'adveniment del romanticisme, la norma d'una nova forma literària molt d'acord amb l'estat d'ànim de la societat francesa d'aquell temps, ja cansada de la sequedat i l'èmfasi del pseudo-classicisme. Significava, a més, el retorn a la Natura i l'abandó del llibertinatge pel veritable amor. Amb poc temps de diferència van aparèixer Le contrat social (març de 1762) i Emile (maig següent). Aquestes dues obres, de caràcter molt diferent de la de La nouvelle Héloïse, van ser molt mal acollides pel Govern i per l'Església, igual la catòlica que la protestant. L'Emilio fou condemnat i cremat per mà de botxí a Ginebra i s'ordenà la detenció de l'autor i la confiscació dels seus béns si es presentava a la ciutat. Desterrat també a França, va buscar un refugi a Neuchatel, pertanyent llavors a Prusia, sent cordialment rebut pel governador lord Keith, que es va convertir en l'amic i protector de Rousseau. Allà se 'li va anar a reunir Teresa, i junts van habitar algun temps en una caseta de Motiers-Travers, cedida graciosament per la senyora Boy de la Tour.

Mentrestant sovintejaven els atacs contra Emile, sobretot per l'episodi del vicari savoià, afirmant el mateix Rousseau a les seves Confessions que ell només va veure 80 refutacions. L'arquebisbe de París va expandir un manament de condemna, contestant Rousseau en una famosa Lettre, que va ser refutada per Marin, l'abat Ivon i el benedictí Deforis. A Ginebra s'havien format dos bàndols, el dels partidaris de Rousseau i el dels que trobaven bé la sanció imposada per les autoritats civils i eclesiàstiques. Rousseau, per deixar-los a tots en més llibertat, va abdicar la seva condició de ciutadà ginebrí. El Consell ginebrí va anul·lar les representacions favorables a Rousseau i el fiscal general va publicar els seus Lletres écrites de la campagne, en les quals intentava justificar el procedir de les autoritats ginebrines, contestant Rousseau amb les Lettres de la montagne (1764), mantenint les idees exposades al vicari savoià i el seu dret d'exposar-les lliurement, fins i tot a Ginebra. Mentrestant Rousseau continuava vivint tranquil·lament a Motiers dedicat a herboritzar ia fer grans passejades.

El 1756 va aparèixer el fullet Sentiment des citoyans, que gairebé tots els autors estan conformes a atribuir a Voltaire i se'l denunciava per haver abandonat els seus fills a les portes de l'hospici. Les Lettres de la montagne van ser cremades a La ahay, París, Berna i Neuchatel. Montmolin el pastor protestant de Motiers que havia admès de nou en la seva comunió a Rousseau en arribar al poble, estava penedit d'aquest pas, i finalment, la nit del 6 al 7 de setembre de 1765 la casa de Rousseau fou apedregada pel poble Rousseau va partir precipitadament per a Neuchatel i d'allà per a l'illa de Sant Pere al llac de Bienne, però transcorregudes tres setmanes, va ser expulsat pel Senat de Berna. Embogit  per la persecució, i després de mil plans desgavellats, va acabar per acceptar una invitació de David Hume i va partir per a Anglaterra, residint successivament a Londres, Chiswick i Wootton. La realitat, o més aviat la mania persecutòria que s'hi havia exacerbat, el van fer trencar sorollosament amb Hume, a qui va acusar de traïdor i d'estar amb els seus enemics per perdre'l. Hume es va justificar a l'escrit Exposé succinci de la constel·lació qui s'est élevée entre M. Hume et M. Rousseau (1766). Aquest incident li va alienar moltes simpaties, no entre el gran públic, però sí entre els amics amb què encara comptava, i que s'anaven cansant de les seves genialitats. A creure'l a ell, es tractava d'una veritable conjura universal per perdre'l. No considerant-se segur ja a Anglaterra, va embarcar per a França adoptant el nom de Renou, allotjant-se a Fleury-sous-Meudon, a casa del marqués de Mirabeau, que el va acollir amb benevolència, i després a Trye, a casa del príncep de Conti, però aviat es va indisposar amb tots dos, a causa de la desconfiança que tothom l'inspirava.

Aleshores va emprendre un nou pelegrinatge, i el 1768, sentint-se malalt, va reconèixer davant de dos testimonis Teresa com a esposa seva. Les idees de la fugida no l'abandonaven, però, per fi, es va establir a París, negant-se a rebre cap de les seves antigues amistats i dedicant-se principalment a les excursions botàniques pels voltants de la capital. Quan la maia persecutòria no li turmentava, era de caràcter dolç i alegre i enmig de la pobresa dels seus recursos, trobava la possibilitat de fer abundants almoines.
El 1778 va acceptar la invitació del marquès de Girardin per instal·lar-se a Ermonville, morint allà al cap de mes i mig.
Les seves restes van ser traslladades el 1793 al Panteó de Perís, on se li va erigir un monument, tenint un altre a Ginebra, a l'illa que avui porta el seu nom, i un altre a Chambéry. Els contemporanis de Rousseau van dir que aquest sa havia suïcidat, però quan el 1897 es va obrir el taüt que contenia les seves restes, Berthelot va trobar intacte el crani.