Va ser la primera priora na Sancha de Abiego, i amb títol honorífic ho va ser també la mateixa filla de la fundadora, la infanta 
Dolça d'Aragó, arravatada per la mort en la flor de la joventut. La mateixa reina va professar el 23 d'abril de 1197. El territori on es va erigir pertanyia als cavallers de Sant Joan per donació de Ramon Berenguer IV ; per això el mestre de l'Orde, Ermengol d'Asp, confirmà la fundació en 1188; però la comunitat no sempre va estar sotmesa als castellans d'Amposta, sinó més aviat, almenys per algun temps, al gran mestre de Malta. Observaven com a base fonamental, la Regla de Sant Agustí, precisada en molts punts, sobretot amb vista al cerimonial característic de l'Ofici diví, pels estatuts o Regla de Sixena, que va redactar Ricardo, ardiaca i després arquebisbe d'Osca (1187-1207), completada més tarda per la Consueta de 1588, en què es mitigava el rigor de l'anterior i es reglamentava l'elecció de les priores. Fins a principis del segle XX, en què el bisbe de Lleida va imposar la clausura estricta, no es va observar aquesta en tot rigor, i això per exprés privilegi dels Romans Pontífexs, atorgat en part en atenció a l'insalubre del lloc, perquè les religioses poguessin acollir-se a la seva família en cas de malaltia. És la veritat que moltes de les priores es van trobar presents en alguns solemnes actes, com a inauguració de Corts, coronacions de reis a Saragossa, etc. El seu vestit és majestuós, amb llarga cua, ostentant en l'espatlla esquerra, sobre el negre hàbit, la blanca creu de Sant Joan, partida en vuit puntes. Les germanes llegues només porten la meitat, per la qual cosa se'ls designa amb el qualificatiu mitges creus. Més modestos, però no menys rozagante, era el vestit de les escolars o nenes educandes que es formaven dins de la clausura. Reines, com Maria d'Aragó i na Constança d'Aragó; infantes, com la filla de la fundadora, i na Blanca d'Aragó, filla de Jaume el Just; comtesses, com la comtessa de Bardelhos; joves de famílies tan il·lustres com las Urrea, Alagón, Cornel, Oliván, Moncayo Heredia, etc., professaren en aquesta reial casa, la van llegar els seus possessiones i van exercir càrrecs honrosíssims. Á el seu exemple, els reis Alfons II el Cast, Pere el Catòlic, Jaume el Conqueridor i Jaume II, la van distingir amb privilegis van cedir les rendes i senyorius de nombrosos pobles, on exercien plena jurisdicció les priores; tals, per exemple, Sena, Villanueva, Lanaja, Candasnos, Ontiñena, Aguas, Paü i Montornero. Tingué per filial a Cervera i adoptà la seva regla  Estremoz, a Lisboa. Per a servei de les monges i realç del culte va existir un Cabildo de capellans, amb el seu prior i racioner, incorporat al monestir i amb dependència de la mestra-priora de Sixena.
Re anomenades de nom són algunes d'aquestes priores; basti esmentar a Osenda de Lizana (102-1215), en el temps del qual van morir la reina fundadora (1208) i el fill de la mateixa Pere II, que amb altres distingits cavallers va caure en la batalla de Muret (1213); Tota Ortiz de Azagra (1253-68), vídua de Gombal de Benavente, mort en l'assalt a Múrcia, va llegar, com l'anterior, moltes possessions al monestir; Blanca d'Aragó (1321/47) filla de Jaume II, la qual emprengué grans i artístiques obres en els claustres i capelles (en el seu temps la comunitat comptava fins a 100 religioses); María Ximénez Cornel (1380-99), que assistí a les Corts Catalanes de Montsó (1287); María Ximenez de Urrea (1510-21), gran benefactora del monestir, al que també enriquí amb preciosos retaules; Luisa de Moncayo (1584/93), en el temps de la qual es promulgà la Consueta: María Diez d'Aux i Alfaro, que el 1608 feu construir l'altar de Nostra Senyora del Coro. 
Després de la invasió francesa, en què ja va començar a ser despullat de les seves joies, i després de la desamortització liberal, que li va privar de totes les seves finques, el monestir va quedar reduït a tan extrema pobresa, que, per a poder mantenir-se, les poques religioses es van veure obligades a vendre fins als retaules dels altars, llenços de les capelles i objectes de culte i la comunitat es va veure obligada a abandonar el monestir, encara que hi van tornar alguns anys més tard, moment en el qual es van executar algunes obres de reconstrucció.
El 28 de març de 1923, per Reial Ordre, el monestir fou declarat monument nacional. 
Les monges de Sant Joan de Jerusalem abandonen el monestir a principis de la dècada de 1980. En 1985 arriba a Sixena un grup de religioses de la Família monàstica de Betlem, de l'Asunción de la Verge i de Sant Bruno, que habita el monestir actual. Des de 1950 s'han dut a terme obres de reconstrucció a l'església, el refetor, la sala capitular i el claustre.